提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
2022年三季度全球楼市集体“熄火”******
(财经天下)2022年三季度全球楼市集体“熄火”
中新社北京2月2日电 (记者 庞无忌)2日,亚洲房产科技集团居外IQI发布的2022年三季度全球房价指数报告显示,由于西方各国利率上升、通胀飙升、全球经济放缓和乌克兰危机导致的供应链中断等不利因素,去年三季度全球楼市集体“熄火”,房价大面积降温。
该机构指出,大多数国家的高通胀率造成了一种假象,即全球房价仍在上涨。在已公布2022年三季度住房统计数据的62个国家和地区市场中,仅6个市场名义房价下跌。但实际上,如果扣除通胀因素,62个市场中,仅23个市场实际房价同比上涨,39个市场的实际房价同比已下跌。与一年前相比,62个市场中,47个住房市场出现降温。
例如,在立陶宛,2022年三季度名义房价同比大涨22.77%,但扣除通胀因素,当地房价下降了1.09%。同期,在阿根廷布宜诺斯艾利斯,名义房价仅下跌7.11%,但经通胀调整后,当地实际房价暴跌49.25%。
从重点国家和区域来看,美国房价涨势已急剧减弱。与此前几个季度的两位数增长相比,美国标普/凯斯-席勒全国房价指数在2022年三季度同比仅增长2.28%,这是自2019年四季度以来的最低增速记录。加拿大楼市也在迅速转冷。2022年三季度,该国11个主要城市的实际房价与去年同期相比仅上涨1.75%。
欧洲的房价繁荣似乎已走入尾声。报告指出,在30个欧洲市场中,只有7个国家房价在2022年三季度表现出比一年前更强的势头(增速加快或跌幅收窄)。英国、法国等主要欧洲市场房价正在失去上涨动力,而德国、西班牙和意大利的实际房价出现下跌。
在房地产需求下降的情况下,去年三季度,澳大利亚和新西兰的房价下降。亚洲住房市场走弱,在该机构调查的15个国家和地区市场中,只有5个市场的实际房价有所上升。
在这份报告中,2022年三季度,房价涨幅最大的国家和地区或代表城市是,土耳其(+57.64%)、越南胡志明市(+22.35%)。房价同比跌幅最大的是阿根廷布宜诺斯艾利斯(-49.25%)、斯里兰卡科伦坡(-31.37%)。
展望今年,居外IQI集团联合创始人、集团CEO卡希夫·安萨里(Kashif Ansari)说,中国防疫政策优化对今年的全球楼市是重大利好,特别是率先增加与中国来往航班的国家,如泰国、柬埔寨、印尼的楼市将较早感受到楼市春天。他预计,中国买家全球购房金额将在2024年年中恢复至2019年的水平。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)